内设机构主要如下：
一、内设机构主要职责
省食品药品监督管理局设7个职能处（室）：
（一）办公室
组织协调机关日常政务和事务工作；负责会议组织、文件审核；负责政务信息、对外宣传、机要通信、文电管理、政务督办、机关财务；办理人大代表建议和政协委员提案；负责档案、印章管理以及信访、保密、保卫工作。
（二）财务处
承担系统内财务、固定资产的统一管理工作；负责基本建设的规划、立项及组织实施；编制年度预决算并监督执行；管理各类资金、资产及政府采购工作；负责本系统行政事业性收费的管理、监督；负责对局机关、直属单位的财务审计监督工作；承担系统内综合统计工作。
（三）食品安全协调处
监督实施国家食品、保健品、化妆品安全管理的法律、法规以及相关安全管理标准；拟订地方性安全管理的法律、规章并组织实施；组织协调有关部门承担食品、保健品、化妆品安全监督工作；依法组织开展对食品、保健品、化妆品重大安全事故的查处；综合协调食品、保健品、化妆品安全重大事故应急求援工作；监督实施食品、保健品、化妆品安全监管信息发布办法。
（四）药品注册处
贯彻实施国家药品标准、药用辅料标准、直接接触药品的包装材料和容器的产品目录与药用要求和标准；负责新药、已有国家标准药品、中药保护品种及新药临床试验的初审申报工作；审定中药饮片炮制规程；审查出口药品；负责药品再评价、淘汰药品初审工作；经授权负责药品以及直接接触药品的包装材料和容器的注册和再注册；负责全省医疗机构制剂及其省内制剂的注册、审批与管理；指导全省药品、医药包装材料检验机构的业务工作；贯彻执行国家保健品市场准入标准，负责保健品的初审工作；指导藏药标准委员会办公室工作。
（五）药品安全监管处（挂医疗器械监管处牌子）
贯彻执行药物非临床研究质量、临床试验质量管理规范及药品生产质量、中药材生产质量管理规范、医疗单位制剂管理规范；依法核发药品生产企业、医疗单位制剂许可证，核发国家援权的药品GMP认证证书；对药物研究单位实行备案管理；初审药物临床试验基地；贯彻实施国家基本药物目录及非处方药管理办法，根据国家非处方药品目录，对非处方药品进行审核登记并核发非处方药品登记证书；审办出口药品销售证明；依法监管特殊药品；指导省级药品不良反应监测、药物滥用监测工作；贯彻执行国家颁布的医疗器械、体外诊断试剂、卫生材料产品法定标准和医疗器械产品分类管理目录；初审医疗器械产品注册证标准，依法核发医疗器械生产企业许可证、医疗器械产品注册证；负责医疗器械质量体系考核，指导医疗器械不良反应事件监测工作。
（六）市场监督稽查处
依法核发药品、医疗器械经营企业许可证；监督实施药品经营质量管理规范；组织实施药品批发、零售企业资格认定制度并核发GSP认证证书；拟订并监督实施省内药品、医疗器械流通管理办法；组织审核和监督药品、医疗器械广告；编制全省药品、医疗器械监督抽验计划并组织实施；检查区域内药品生产、经营、使用单位的药品质量，整顿规范药品、医疗器械市场流通秩序；监管中、藏药材集贸市场；受理药品、医疗器械违法违规案件的举报、投诉；查处药品、医疗器械研究、生产、经营、使用中的违法违规案件；指导协调全省药品稽查工作。
（七）人事处
负责机关和系统内组织、人事、劳动工资工作；拟订本系统教育培训规划并组织实施；负责执业药师资格考试、注册、考前培训和继续教育；组织协调全省药品经营从业人员上岗、继续教育培训；负责离退休干部工作。
(八)机关党委
负责机关和直属单位的党群工作。
(九)政策法规处
组织拟订、修改地方性药品监督管理法规：指导审核本系统规范性文件的制定：提出地方性立法规划的建议：负责行政执法监督和听证工作，承担行政复议、应诉和国家赔偿相关工作：负责药品、医疗器械执法人员的监督管理，依据规定核发药品执法人员执法证件，指导本系统法制建设：组织开展药品监督管理法律法规的宣传教育。
(十)市场流通监督处
依法核发药品、医疗器械经营企业许可证：监督实施药品经营质量管理规范：组织实施药品批发、零售企业资格认定制度并核发GSP证书，研究拟定并监督实施省内药品、医疗器械流通管理办法：组织审核监督药品医疗器械广告等。
